Paestum è stato fondato 600 a.C. - alcuni anni dopo Agropoli - da Greci da Sybaris, una città greca importante in Calabria. Hanno denominato la città Poseidonia in onore del dio greco del mare poseidone. Nel quarto secolo a.C. Poseidonia ha passato sopra ai Lucani (chi hanno formati un ramo locale della tribù italica di Samniti in questa zona). Sotto i Lucani la città è stata denominata Paiston. In 273 a.C. i Romani hanno preso il possesso della città e hanno cambiato il nome in Paestum.

Nel nono secolo Paestum è stato abondonato come risultato degli attacchi numerosi del Saraceni ed a causa del clima malsano a quel tempo (distretto malarico). Circondato e sepolto dalle paludi causate dal fiume Sele la città è rimasta nascosta e dimenticata per circa 900 anni. Dovuto le nuove costruzioni delle strade in 1748 i templi bene conservati erano ritrovati e scavati.

Il più vecchio e il più importante santuario della regione intera era il Heraion costruito circa 570   a.C. Non era prima del ventesimo secolo che le rovine frammentarie erano scoperte 9 chilometri al nord di Paestum nella prossimità del delta di Sele. Ci sono alcuni indizii, che attribuiscono la prima fondazione a Jason ed ai argonauti.

Soltanto alcuni anni dopo (circa 550   a.C.) è stato costruito il più vecchio dei tre templi di Paestum, che inoltre è stato dedicato alla dea greca di fertilità Hera (la sorella e la moglie di Zeus). Dovuto un errore iniziale oggi è conosciuto come la cosiddetta Basilica.
 Il più piccolo dei tre templi, il cosiddetto tempio di Ceres, è stato dedicato alla dea Atena ed è stato costruito circa 500 a.C.

Il tempio di Poseidone , (o tempio di Nettuno) proviene da circa 450 a.C. (tempo quasi uguale alla costruzione del Partenone a Atene). Questo tempio è probabilmente il tempio dorico il più bene conservato nel mondo.

La Basilica e il tempio di Nettuno stanno molto vicino l'un all' altro e formano così un panorama abbastanza impressionante .